此时，从三水方向退回的叶举也早已无往日锐气，十天不到，粤军4万人，不是战死战伤就是各部被打散，粤军已无力再战了。
此时，杨兴再次派出信使，督促陈炯明尽快通电下野，如此免得生灵涂炭，如此方可平息战祸，
如今所部已经伤亡殆尽，广州已无险可守，后路有被截断可能，陈炯明只有通电下野，率领所部向惠州、潮汕方向撤退。
22号，杨兴进驻广州后，当即电令陈炯明残部就地待命，接受国民革命军整编，接着留下2旅驻守广州负责维持治安之后，令黄绍竑率领第11师在占领增城后，将陈炯明堵截在惠州一线。
而杨森则率领第3师一部、第8师、第9师以及炮旅，担任追击军团，全力追击陈炯明残部。
陈炯明大惊，以为自己宣布下野，放弃广州后，杨兴会放慢对自己追击，谁知其竟然以国民革命军总司令名义宣布自己所部为叛军，强迫自己接受整编，若是不从，竟然以土匪叛军论处。
当即派出使者，前去诘问杨兴：“前日督促陈竞存下野，今日奈何反而率部强行逼迫各部接受改编，如此不是失信于天下？”
杨兴笑道：“陈公在惠州、潮汕经营多年，势力盘根错节，卧虎之侧，岂容他人酣睡？况且一个国家只能有一支军队，陈公下野，若是还要保存军队，岂不是私人武装，如此亦非粤人之福，陈公之福亦。”
来使问道：“总司令，你准备如何处置粤军？”
杨兴笑道：“这就要看陈公怎么做，若是其一意孤行，断然与我军为敌，其部将会被消灭，我也将自行组建以粤人为基干的部队。若是陈公肯和平解决，和平谈判也是可能的。”
来使追问道：“如何和平谈判？”
杨兴笑道：“陈公务必放弃从军，粤军将被国民革命军整编，整编后粤军将完全按照国民革命军编制发放各种军饷、武器。”
来使问道：“粤军不能单独成军？”
杨兴笑道：“民国以来，纷争不断，一个主要原因就是各省都自行组建军队，如此造成军阀纷争不断。从即日起，包括川省，各省都不能自行组建军队，军队将完全实现国有化。”
来使沉思良久道：“总司令，如此看来，你是想要做袁世凯？”
杨兴笑道：“袁世凯，非吾所欲。本司令起于反对袁世凯称帝，岂非重蹈覆辙。”
但是陈炯明听到粤军各部将不能独立成军后，当即一想，干脆拼个鱼死网破，在接到杨兴的和谈要求后，率领所部向惠州方向逃窜。
9月27号，所部被黄绍竑所阻，被挡在石龙镇，9月30号，全军被包围。
陈炯明无奈，只有同意杨兴和谈条件，宣布其部接收整编，其部则其优壮改编为国民革命军第12师。
而对于淘汰下来的1万5千余人，对愿意回家的，则发放路费遣送回家，对于不愿回家的，则分别编入10个工程兵团，进行公路、水利、工厂、城市建设。
由于在云贵川桂等省份，都对过去军阀进行改编，改编后军队多被编入工程兵团，所以对裁减下来被编入工程兵的，大家想到毕竟是为家乡建设做贡献，虽然有反弹之声，但是经过多番劝道后，很多人都感到政府养不起如此多的军队，顺利完成了整编工作。
在完成对粤军各部整编之后，杨兴令黄绍竑部向惠州潮州汕头进军，对陈炯明残留在广东东部各军进行整编。
10月7号，陈炯明来到广州，杨兴在接见之后，任命其为广东省民政部长，以安抚广东各地人民。
听到杨兴竟然公开收编陈炯明，刚到上海的孙文发电连连质问。
杨兴只好派出原非常大总统秘书长谢持与张斯可前往上海解释，且请孙文在指责自己之前，最好对云贵川进行考察，对广东进行考察。
孙文在上海获得苏联大量支持，但无奈忠于自己军队仅仅许崇智一部万余人，目前还退守福建广东边境，感觉甚为无力。
这时，谢持与张斯可赶到上海，张斯可大谈特谈强国会认为强军富国殷民民主文明是对三民主义继承与发扬，根本没有任何矛盾，建议孙文到云贵川进行考察，杨兴承诺，考察期满一年后，将恭请孙文到广东就职。
杨兴认为，孙文对整个国家根本不了解，他只是从美国回来的一个过客，除了有满腔爱国热情外，很多事情无能为力，还谈什么治国平天下。