曹操听后，以为华佗故弄玄虚，因而心中不悦，只是未形于色。他不仅留华佗于府中，还允许他为百姓治病。[
华佗经过数十年的医疗实践，熟练地掌握了养生、方药、针灸和手术等治疗手段，精通内、外、妇、儿各科，临证施治，诊断精确，方法简捷，疗效神速，被誉为“神医”。
对此，《三国志》、《后汉书》中都有一段内容相仿的评述。
说他善于养生（“晓养性之术，时人以为年且百岁而貌有壮容”），用药精当（“又精方药，其疗疾，合汤不过数种，心解分剂，不复称量，煮熟便饮，语其节度，舍去辄愈”）。
针灸简捷（“若当针，亦不过一、两处，下针言，‘当引某许，若至，语人’，病者言‘已到’，‘应便拔针，病亦行差’”），手术神奇（“刳剖腹背，抽割积聚”、“断肠滴洗”）。
所留医案，《三国志》中有十六则，《华佗别传》中五则，其他文献中五则，共二十六则，在先秦和两汉医家中是较多的。
从其治疗范围看，内科病有热性病、内脏病、精神病、肥胖病、寄生虫病，属于外、儿、妇科的疾病有外伤、肠痈、肿瘤、骨折、针误、忌乳、死胎、小儿泻痢等等。
他发明了麻沸散，开创了世界麻醉药物的先例。欧美全身麻醉外科手术的记录始于十八世纪初，比华佗晚一千六百余年。《世界药学史》指出阿拉伯人使用麻药可能是由中国传去，因为“中国名医华佗最精此术”。
《隋书·经籍志》记有“华佗枕中灸刺经”一卷，已佚。《医心方》所引《华佗针灸经》可能是该书的佚文，《太平圣惠方》引有“华佗明堂”之文。从现存佚文看，《华佗针灸经》所载腧穴名称及定位均与《黄帝明堂经》有较大不同。
华佗首创用全身麻醉法施行外科手术，被后世尊之为“外科鼻祖”。他不但精通方药，而且在针术和灸法上的造诣也十分令人钦佩。华佗到处走访了许多医生，收集了一些有麻醉作用的药物，经过多次不同配方的炮制，终于把麻醉药试制成功，他又把麻醉药和热酒配制，使患者服下、失去知觉，再剖开腹腔、割除溃疡，洗涤腐秽，用桑皮线缝合，涂上神膏，四五日除痛，一月间康复。
因此，华佗给它起了个名字——麻沸。
如果需要灸疗，也不过一两个穴位，病痛也就应手消除。
如果病患集结郁积在体内，扎针吃药的疗效都不能奏效，应须剖开割除的，就饮服他配制的“麻沸散”，一会儿病人就如醉死一样，毫无知觉，于是就开刀切除患处，取出结积物。
病患如果在肠中，就割除肠子病变部分，洗净伤口和易感染部分，然后缝好腹部刀口，用药膏敷上，四五天后，病就好了，不再疼痛。开刀时，病人自己并不感到疼痛，一个月之内，伤口便愈合复原了。[
他所使用的“麻沸散”是世界史最早的麻醉剂。华佗采用酒服“麻沸散”施行腹部手术，开创了全身麻醉手术的先例。这种全身麻醉手术，在中国医学史上是空前的，在世界医学史上也是罕见的创举。
华佗在医疗体育方面也有着重要贡献，华佗创编了一种锻炼方法，叫做“五禽戏”，一叫虎戏，二叫鹿戏，三叫熊戏，四叫猿戏，五叫鸟戏。
可以用来防治疾病，同时可使腿脚轻便利索，用来当作“气功”。
身体不舒服时，就起来做其中一戏，流汗浸湿衣服后，接着在上面搽上爽身粉，身体便觉得轻松便捷，腹中想吃东西了。
他的学生吴普施行这种方法锻炼，活到九十多岁时，听力和视力都很好，牙齿也完整牢固。
五禽戏是一套使全身肌肉和关节都能得到舒展的医疗体操。华佗认为“人体欲得劳动，……血脉流通，病不得生，譬如户枢，终不朽也”。