1820年，萨木萨克死后不久，张格尔就加紧了作乱的步伐。在浩罕汗国玛达里的暗中汗支持下，张格尔聚集了数百人袭击了清朝卡伦(边防站)。当时，喀什噶尔边境山区的柯尔克孜首领苏兰奇因受到张格尔的压迫，向喀什噶尔参赞大臣报告了这一敌情。参赞大臣斌静听了之后却并不放在心上。到清军卡伦守军再次向他报警后，这才感到事态严重，急忙派人火速飞报伊犁将军。
此时，张格尔已率领数百人顺利进抵图休克塔什卡伦，距喀什噶尔西北不过百余里，在山区村落烧杀虏掠，清军副护军参领音德布已英勇战死。
伊犁将军庆祥闻报后，日夜兼程亲自奔赴喀什噶尔。同时，喀什噶尔帮办大臣色普征额也率兵火速开赴边境御敌，与张格尔匪帮遭遇后，迅即获胜。张格尔仅率20余骑逃回浩罕。
第一次入卡的失败，并未使张格尔认输。他继续在边境地带活动，打出“霍加后裔”的旗帜招揽了一些亡命之徒，积蓄粮草和弹药，并不时对清军卡伦做些小规模的骚扰。
1822年9月，张格尔伙同其弟巴布顶，集结200多人，自边界阿赖岭入境，进入我方乌鲁克卡伦抢劫，伤清军官兵30余人，侍卫花三布阵亡。面对危局，清军游击刘发恒率卡伦守军奋力拒敌，张格尔与巴布顶抵挡不住，又退往边境山区。
在山区观望期间，张格尔突发奇想，派人到喀什噶尔参赞大臣处商谈，要求清朝将喀什噶尔罕爱里克回庄划为其世袭领地，他便不再闹事。喀什噶尔参赞大臣永芹早已探得浩罕汗国将派兵数千协助张格尔夺取喀什噶尔，张格尔此举不过妄图以诈降争取时间。
为务求全歼张格尔匪帮永绝边患，接到边报后，道光一方面要求庆祥严辞回绝张格尔的无理要求，同时命喀什噶尔参赞大臣永芹尽速进剿。
1822年10月3日，永芹领兵300，开赴边境木吉一带剿敌。不料张格尔已闻风先遁，窜出边卡之外；他见浩汗国答应派出的援兵迟迟不来，也就只好继续招兵买马，在喀拉提锦山区一带，准备更大规模的军事入侵。
为防止张格尔再度入卡为乱，清廷开始在喀什噶尔加强边备。1822年11月，喀什噶尔参赞大臣永芹病故于任上，来年元月，清廷派伊犁将军庆祥出任喀什噶尔参赞大臣；至3月间，又调乌鲁木齐绿营兵500、战马500匹赴喀什噶尔充实防务。
1823年7月18日的一个深夜，张格尔又领着党徒200余人和浩罕汗国革职军官艾沙所带的60余名安集延士兵，第三次入卡作乱。他们自开齐山入境，以最快的速度绕过清军卡伦，占领了喀什噶尔以北40余公里的阿图什。
在喀拉汗王朝索图克；布格拉汗的陵旁，张格尔向民众宣布，他此行的目的只是要到喀什噶尔阿帕克霍加麻扎去，以祭拜先祖在天之灵。消息一传开，有不少白山派信徒信以为真，先后赶到阿图什参拜张格尔。
与此同时，喀什噶尔参赞大臣庆祥也己闻报，火速命令帮办大臣舒尔哈善与领队大臣乌凌阿等，率兵直奔阿图什围剿。张格尔忙带着由引诱哄骗而扩充为千余人的部队迎战。这些未经训练的叛军一战即溃。张格尔马上掉头就跑，先往东退往伽师，再向西悄悄迂回到喀什噶尔城东5公里处，占领了阿帕克霍加陵园。
庆样闻讯，又派千余清兵前往包围了阿帕克霍加陵园。此时张格尔已派人混入喀什噶尔城内，串通内应发动了变乱，叛匪冲出东门，在清军外围又形成一道包围圈。清军受内外夹击，处于明显劣势。在一个雷雨交加的夜里，张格尔顺利突围。