英宗病重，门达蓄意勾结王纶，欲除掉李贤。
他们的阴谋被朝臣揭发，宪宗大怒，结果王纶被斩，钱溥被贬，门达因他罪并发，“论斩系狱，没其资巨万”。
而与此同时，李贤则进少保、华盖殿大学士，知经筵事。
宪宗十分倚重李贤，李贤也“以受知人主，所言无不尽”。
但李贤辅政不久，即于成化二年冬卒。
成化元年（1465年）正月，任命都督同知赵辅为征夷将军，总领所有总兵，征讨广西瑶族的叛乱。
三月，四川山都掌蛮进行暴乱。
十二月，韩雍大破广西大藤峡的瑶族叛乱者，将大藤峡改名为“断藤”。
成化二年（1466年）正月，结束团营建制。
三月，朱永在南漳大破荆、襄贼地区的乱匪头目刘通，并擒拿刘通。
他的党羽石龙逃走后转而进入四川。
七月，毛里孩进犯固原。
八月，又进犯犯宁夏，宁夏都指挥焦政战死。
十月，朱永擒拿匪首石龙等人，荆襄地区的乱匪被平定。
十二月，大学士李贤逝世，朱见深命太常寺少卿兼翰林院侍读学士刘定之进入内阁处理机务。
这个月，断藤峡的瑶族乱贼再次暴乱。
成化三年（1467年）正月，朱见深授朱永为平胡将军，和杨信一起征讨毛里孩。
三月，朱见深封商辂为兵部侍郎，再次进入内阁。
九月，鉴于建州女真屡屡犯边，明廷集结五万大军以总兵官赵辅挂靖虏将军印为总指挥。
左都御史、辽东总督李秉为副总指挥。
兵分三路：左路出浑河、柴河越石门、土木河至分水岭；右路由鸦鹘关、喜昌口过凤凰城黑松林，摩天岭至泼猪江；主力自抚顺经薄刀山、粘鱼岭过五岭渡苏子河至古城。
同时谕令朝鲜出兵协助，朝鲜兵先到讨平，国王遣吏曹参判高台弼献俘京师。
宪宗嘉奖了朝鲜将领鱼有沼，降勑赐银五十两，段绢各四疋。
又解送被女真人所掳走的人口。
十月高丽兵回国。
十二月，左庶子黎淳再次提出明景帝时期废黜太子的事情，朱见深说：“景泰年间的事情已经过去了，朕不会在意，况且这些也不是臣下当说的。”
成化七年（1471年），任命王恕为刑部侍郎，总理河道事务。
十一月，朱见深立皇子朱佑极为皇太子，大赦天下。
成化十一年（1475年）十一月，立皇子朱佑樘为皇太子。
十二月，恢复郕王朱祁钰的帝号。
宪宗在位后期，怠于政事，不见大臣。
群臣奏事均经由内廷中官。
一四七一年，大学士彭时、商辂等借口彗星久现，力请朝见。
宪宗在奉天门接见阁臣。
彭时奏称“天变可畏”，宪宗说“卿等宜尽心”。
又奏：御史疏请减京官俸，文官可武官不可。
宪宗说，是。
万安等叩头呼万岁。
彭时、商辂也都退下。
宪宗随即退朝。
朝野传笑，说是“万岁阁老”。
从此以后，直到宪宗病死，再不召见大臣。
宪宗以少年天子，怠于政事，与掖庭嫔妃以至侍女宫婢。
大学士万安迎合帝意，进献媚药及房中术。
都御史李实、给事中张善等谏诤风纪之臣，也向宪宗献房中秘方求官。