但好景不长，万历三十八年，利玛窦病逝于北京，逝世前指定龙华民接任教会中职务。龙华民上任之后，立刻改弦更张，主张耶儒分离，反对引进儒家经典注解教义，更是坚决反对用“天”和“上帝”这样，早有特定意义的“古词”来指称“deus”，要求在华教众只许用音译的“陡斯”来指称这一神圣的存在。这就引起了南京当局，尤其是时任南京礼部右侍郎沈的高度警惕。万历四十四年五月，沈上《参远夷狄疏》，掀起南京教案。七月，巡城御史孙光裕带兵抓人，王丰肃就是第一个被抓的。八月，南京礼部颁布《拿获邪党后告示》，告示中称：“狡夷王丰肃等，潜住都门，妄称天主教，煽惑人民。”
万历四十五年，南京教案落下帷幕，王丰肃被广东当局囚送澳门。
万历四十八年，天地更易，新任礼部尚书徐光启发函邀请耶稣会进京。得到通知后，龙华民兴奋异常，立刻组织使团北上，但同在澳门的王丰肃却以主持澳门事务为由，婉拒了龙华民的邀请，没有与使团一道北上。直到雇佣兵北上援辽，他才应郭居静的邀请，星夜进京。可怪的是，他进京没多久，就又遇上了教案。
“有意义吗？”郭居静抬头仰视十字架，在他身后分坐左右的金尼阁和王丰肃只能看见他的后脑。唯有受难垂头的耶稣能看清郭居静眼里的神色。
“不管有没有意义，我们都应该做一做。”王丰肃也将自己的视线转移到了受难十字架上。
“要怎么申救？”郭居静的声音也是不喜、不怒、不哀，听不出什么情绪。“上谕给门多萨的定性可是‘耶教左道’，要是把握不好申救的度，我们这些‘耶教正道’说不定也就‘左’了。”
“郭仰凤，你怕了？”金尼阁的眉头皱得更紧了。
“我是怕了，但我不是怕死，而是怕断送了这几十年数代人的事业。”郭居静说道：“金四表，来天朝这么久，你应该也知道大明天子的权威是无可置疑的。若是触怒了皇帝陛下，让判词从‘耶教左道’变成‘左道耶教’，这几十年的传教事业也就彻底完了。”
“但我们总不能就这么眼睁睁地看着吧。”金尼阁说道。
“不能就这么干看着！”王丰肃接茬说道：“那么多双眼睛还盯着我们呢。”
“是啊，我们这些元老应该给小辈做表率。”金尼阁转头向王丰肃看去，却只看见一张平静至极的脸。
郭居静平静得仿佛老僧入定。“要如何既做表率，又不至于引得天子降怒呢？”
金尼阁品出味儿来了。“听你这话说的，就好像我们只需要做个样子给下面的人看看就行。至于救人反倒是其次？”
出乎金尼阁意料的是，郭居静非但没有矢口否认，反而冲着十字架说道：“我确实是这个意思。所以我正在忏悔，请求上帝宽恕。”
“你怎么能这样想？”金尼阁急了，向前探身想要把郭居静身子给扭过来，但当他顺着郭居静仰望的方向，看见耶稣受难的圣象，心绪又被抚平了一些。伸出去的手最后也没有放到郭居静的肩膀上。
“我只能这么想，因为根本救不了。”郭居静听见了身后的动静，但并未回头。
“为什么？”金尼阁的脑子里隐隐地浮现出了一些旧日的画面。
郭居静缓缓解释道：“目前，耶稣会在华最大的依仗就是礼部尚书徐子先，但现在徐子先的路子已经走不通了。那公公在宣谕的时候，说得很清楚。皇帝陛下之所以要镇抚司拿办在案人犯，移交刑部，等待正法。是因为‘允礼部尚书徐光启及钦天监春官正汤若望所请’。虽然我不知道在我们被囚期间到底发生了什么，但无非两种可能。”
“第一，徐子先和汤道未为了和这件被定性为‘耶教左道’和‘煽惑动摇’的案子撇清关系，主动疏请严惩。第二，能有现在的结果已经是他们努力争取得来的了，若非他们从中斡旋，如今的判词就应该是‘左道耶教’，而不是‘耶教左道’。如果是前者，徐子先不会也不敢帮忙，如果是后者，徐子先帮不上忙。”
“我们可以联系内阁的叶阁老。请他出面。”金尼阁提议道。
郭居静反问道：“既然徐礼部这样的教众都帮不了，那叶阁老又怎么会提供帮助呢？”
“不试试看怎么知道。”金尼阁说道。
“还是不要试的好！”王丰肃插话进来，立刻就将金尼阁的注意力吸引了过去。
“你们连试试看都不愿意吗？”金尼阁越想越不对劲。
“如果不用付出代价的话，试试倒也无妨的。但现在这个时候，去找内阁的二把手，本身就是一种极不明智的做法。”王丰肃回望向金尼阁。“在案犯被正法之前，我们的嫌疑不会彻底消失。虽然锦衣卫在明面上撤了，但大概率还在暗处盯着。你信不信，你今晚去叶府，不管进没进门，明早你的行踪就会摆到皇帝陛下的案台上。”
“怎么会.”金尼阁的手开始发颤了。
“怎么不会，这里是北京，帝国的心脏。而这又是涉及北境大战的案子。说不定就算案子结了，皇帝陛下仍旧会怀疑我们。”王丰肃依旧平静。
“我明白了！”金尼阁激动地站起身。“我都明白了！这一切都是你们算计好了的！是你们一手策划了这一切！”
(本章完)