陈独秀到了安庆后，据说是担任了都督府秘书长，但民国政府的备案中，他只是“秘书”都督府秘书科上书大总统孙文，要求保护刘光汉（刘师培），陈独秀的签名“陈仲”列于第五位，不太像是掌事权的人。
陈独秀在孙毓筠手下的时间也不长。这可能与他的性格有关。据当时安徽都督府掌管文书及收发的科长张啸岑回忆，陈独秀“性情过于急躁，想一下子就把政治改革好，常常为了改革而与人发生口角，每逢开会，会场上只听他一个人发言，还总是坚持己见，孙毓筠也无可奈何，还不得不从”这样的秘书不好用，用不好，是很自然的。
更关键的问题是：1905年与陈独秀共同发起成立“岳王会”的柏文蔚，要与孙毓筠争做都督。陈独秀会站在谁的一边？论关系交情，自然是柏文蔚更深，否则柏当上都督后也不会请陈独秀正式担任都督府秘书长，但陈独秀是孙毓筠请回安庆，背之亦为不义。陈独秀没在都督府呆多久，就辞职去办安徽高等学校，我怀疑跟他在孙柏之争中难以自处有关。
柏文蔚也有难言的苦衷。岳王会解散后，他去南京入伍，曾做到第九镇三十三标二营管带。武昌事变后，柏文蔚从奉天南下，策动第九镇统制徐绍桢起义，攻打南京，立下大功，被任为第一军军长兼北伐联军总指挥。他本不必回安徽与孙毓筠争这个都督。
怎奈南北议和，终于告成。北伐梦想成为泡影，柏文蔚驻军浦口，位置十分尴尬。盖因此时张謇等人，实在难以容忍江苏境内驻扎着安徽浙江等多省部队，提出“苏人治苏”的地方自治口号，客军难于存身。正好此时黄兴命柏文蔚率军护送孙毓筠回皖，清除地方势力。柏文蔚自觉论革命资历，论掌握实力，他都远在孙毓筠之上，动动都督的心思，很正常。
柏文蔚自己的回忆录里，将这一场争夺写得十分堂皇：孙毓筠不断请柏入皖，甚至说出“病在垂危，二子托孤”之语，柏文蔚推却不过，来到安庆，发现孙在骗他。柏文蔚说，孙毓筠的用意，是想请他代理安徽都督，孙自己可以乘机入京，与袁世凯接洽“另谋其他之出路”孙毓筠是如此渴望进京，以致不等柏文蔚同意，便致电北京，请袁世凯任柏文蔚为代理皖督，进一步更“运动皖省商民纷来浦口请求回皖主持皖事，代理都督”于是柏“不得已从之”后来柏文蔚还几次辞职，要把都督还给孙毓筠。（烈武先生革命谈话）
柏文蔚进行这段回忆谈话时，洪宪复辟早已结束，孙毓筠作为“筹安会六君子”早已臭名昭著，所以柏文蔚怎么说孙与袁世凯勾结也没关系。试想袁世凯能给孙毓筠什么样的“出路”比做本省的都督更有吸引力？筹安会成员中的老革命党，如胡瑛，如李燮和，哪个不是被本地同志排挤得无处容身，才去北京投靠老袁的？
因此另一种说法可能更靠谱：柏文蔚一面放出风声，扬言孙毓筠吸食鸦片，白天不办公，不见客，一面又秘密求黄兴转请孙大总统派他为安徽都督。孙文回答说，柏文蔚、孙毓筠都是革命同志，又是安徽同乡，让他们自己商量。
于是柏文蔚仿张謇故智，提出一个口号叫“皖人治皖”——奇怪，孙毓筠也是安徽人，还是望族，他当都督难道不是皖人治皖？这里有个说道。柏文蔚对人说，孙毓筠只是刘阿斗，真正的诸葛亮是韩衍，都督府实权握于韩衍之手，这个人是江苏人，怎么能够治理安徽？孙毓筠任用外人，因此不配做安徽都督。
一时间，安庆城的目光都集中在这个江苏人身上。