进入十一月后，时势变得日益紧急。朝廷任命了袁世凯为内阁总理大臣，但上海邮来的民立报仍在天天报道民军胜利的消息。11月3日，清华有同学接到了城中家里的信，说政府已有逃往关外蒙古库伦一带的打算，且已预备八百部车辆以供运载。
就在这一天，清华学堂向度支部领取当月款项，竟没有领到。
清华园外的铁路，火车隆隆驶过，彻夜不绝。晨光中走过去看“犹见一长列车满载兵士及炮械等物由北而南，云系他处调来之兵以守卫京师者”
11月5日，上海失陷的消息传来。这一来，吴宓往上海依附生父的念头似乎也可以断绝了。尤其亲人身居沪上，虽说租界或不致有难，但音信断绝，不免惶急担心。
当晚，清华学堂当局在高等科礼堂召开全校大会。管理员一个不缺，但学生却只剩下可怜的一百一二十人。大会的主旨，便是告知学生：因为同学已多数出校，中国教员也纷纷请假，教课殊难进行，故决定停课一月，到期再议。
功课停止后“诸生中有愿回家及他往逃避者，即可自由他往”逃避变成合法，如果不愿或不能离校者，也可留校，饮食如常。诸管理员并美国教员及眷属都不走。范监督并说，其实留校也不见得如何危险，因为：（一）本校巡警原为十八名满人，已经换成二十名汉人，如有必要可以再招；（二）美国公使答应事情紧急之时，由使馆派兵若干保护。
然而人心并不因此而稳，当晚便有学生在食堂召聚商议，希望校方能将手里所有资金分给学生做路费。吴宓听了此议“大愤而出”他在日记里质问：像我这样无地可去的，分到手一二十银元，又不能留校，在外流荡，岂不成为饿莩？他认为这些提议的学生自私到了极点。好在这一提议没有后续消息，想来得不到校方支持。
也有传闻说教务长张伯苓出面安慰学生，称如不得已，可以将诸君送到天津南开中学暂居避难。但这也并非确讯。
停课无事，又无心温课，只好踢球，或闲谈。四川同学刘庄说，清华园旁村庄里住着一位汉人老翁，年纪八十开外。数十年来京师种种劫难，无一不与：咸丰英法联军之役；火烧圆明园；庚子事变。老翁说，满人平日不谋生业，一旦有事，则首起为土匪，抢掠人民，比如英法之役，敌军还未来到，满人已经先自大乱，圆明园之毁，是满人挑的头儿，英法联军只是跟着放了把火。
这些闲谈于眼前无补，却似乎能让清华学生理解眼前事乱的起因，生出一些身外的感喟。吴宓在日记中记载了一位武汉反清小英雄的故事，并慨叹：“坐是则光复大业，其或可期。余等之碌碌无行，有愧此童多也。”
吴宓本来已经决意留校，然而他无法抗拒时势的演变。11月8日，多日的传言被证实：天津已陷。北京陷入了更大的惶惑之中。最糟糕的是，美国公使致函清华的美国教员，称使馆兵力不足以分护清华，于是连美国教员也纷纷外迁。
原认为不可行的建议似乎成了唯一的办法。监督召集诸生，通知暂行解散清华学堂，每人发给旅费二十元。这离吴宓预计到上海的费用（三十元以上）还有缺口，但也没法子了。
七位江浙同学愿意同行，于是匆匆收拾，走向未知。那一夜，也不知几人成眠？
11月9日，这些清华学生5时即起，9点，行李由两辆大车运送往前门车站。大部分人还是乘火车进城。刚才开篇的人生故事就报了暂停“回顾清华园风物，怆然欲涕，未审他年得一重睹此景否耶”？
打这一天起，三位北京客，在京的，就只剩了恽毓鼎。
前御史、光绪帝的不二忠臣恽毓鼎学士从不相信大清朝会就此完结。他坐在家中，骂降臣，骂亲贵，骂二张（张之洞、张百熙），一面读唐纪天宝末年那一册“觉长安失陷景象如在目前矣”而这种景象，十一年来已是再次见到。
天宝之乱，有郭子仪、李光弼只手挽回，今世之李郭是谁？恽毓鼎可不相信袁世凯，这家伙虽然出山，却按兵不动“各省不费一兵一炮，失陷相缮，而朝廷置之不问，求诸中国四千年历史，真绝无仅有者”
无奈之下，恽毓鼎又起了神课，为大清朝命运占卜。得出的判词是：“手持利剑（专刂）犀儿，迎刃而解差可喜。自郐以下无讥焉，其余不足观也已。”他认为这说明“大河以北犹可保全，其余各省皆无救矣”
其实这正是恽毓鼎自己的政治观点。几乎每日都是某地失陷或独立的消息传来，再乐观的人也不会相信清廷能够不伤筋动骨就渡过此劫。按照恽毓鼎的想法，清室应当放弃边省，全力经营直隶、山西、山东、河南、陕西、新疆这些革命党势力不强的省份，划江而治，虽不易为，却未尝没有万一的转机。
但朝廷的事他一时说不上话。只好照旧大发忧愤之情。11月21日。资政院建议“剪发改历”摆明是向南方示好，表明改良的决心。恽毓鼎却大不以为然，认为“当此分崩离析之秋，救亡不暇，忽为此大变革，惑民观听，愚氓误以为国家已亡，必生变动，是无故而搅之也”接着便在日记中大骂“亡国三妖”：一东洋留学生，一新军，一资政院谘议局。
他又听宫里太监回忆，西太后临终之时，忽然叹了口气：“不该让他们立宪。”过一会儿，又说：“错了！还是不该立宪！”想起来忍不住埋怨摄政王载沣，如果不是他在两宫殁后，大力支持立宪，何至于沦落至斯？
他忆及当年咸丰朝天下糜烂，无省不乱，且洋师进京，但因为人心未失，终能挽回。现时则“无一事非因贿而成，无一官非因贿而进”报载庆亲王奕劻金银、珠宝、衣饰详单，价值在一亿两白银以上，这已经超过史上最大贪官和珅所积。真是天良丧尽！
满城讹言，风雨欲来，恽毓鼎自己的处境也颇尴尬。26日，他与朋友去春仙戏园看夜戏，不料碰上三百余名禁卫军也来看戏，一拥而入，喧哗骄噪，无人敢管。这些兵士见没有辫子像留学生的人，立即怒目而视，破口大骂。恽毓鼎目睹此状，心情十分矛盾，在日记里一面批评禁卫军“骄纵不守纪律如此”另一面又恨恨地指责留学生“此次乱事皆成于留学生，背负国家，荼毒生灵，天道犹存，此辈断难幸免”可是如果真应了流言，北京城里满汉互杀，秀才与兵对战，恽毓鼎又该何去何从呢？
袁世凯入京，恽毓鼎因为自己已经辞官，没有去拜谒。11月30日，袁世凯命长子袁克定来府致意，请恽毓鼎相见，去了，袁世凯阁议未归，没见着。不过，这似乎让恽毓鼎见到了一点儿期望，日记里的称呼也从“袁世凯”改为“袁总理”
从此恽毓鼎便不日奔走于袁世凯、冯国璋官邸，贡献己见。按照他的意见，对付南方，必须采用强硬手段，不可姑息。12月28日，恽毓鼎赴冯国璋举办的同乡会（他们都是河北人），席间冯国璋询问保卫京师之策，恽毓鼎答以“非镇以兵力不可”、“非解散谘议局，封禁报馆不可”
有些话在外场不太好说，依恽毓鼎内心的意见，最好能逼朝中诸亲贵毁家纾难，估计可以得银二千万两，以充军饷，然后责成袁世凯主战，诏告天下，召回在上海议和的唐绍仪、杨士琦，斩首于菜市口“如此而士心不感，乱党不平，吾不信也”
但时局不会依着这位退职翰林学士的想象发展。他只能愤闷特甚，饮食锐减，看看戏，翻翻史书，再在日记里发发牢骚。他也曾代拟一电，以北京总商会名义，让资政院代发给唐绍仪、伍廷芳“二贼”声明不承认南北和约，也曾会齐满汉老臣，往内阁面见袁世凯递交陈情书，力陈和议不可行，宜急筹战备。然而前者也没有什么回音，袁总理又一副垂头丧气的样子，恽毓鼎只能徒唤奈何。
民间传说也很不利于大清，有朋友说京西潭柘寺有棵古樟树，每有新皇帝即位，必定生出一根新枝，而旧枝枯萎，人称帝王树。同治末年，光绪末年，都是旁生小枝，因为光绪与宣统都是自宫外迎立。最近老根旁突然生出一枝新树，与象征宣统的三年新枝全然无干“闻者骇异”
也有令人振奋的流言，据说孙中山当选临时大总统后，人心不服，就在南京英国领事馆门外，被其党羽章太炎连开三枪，第三枪打中肋骨。反正的江苏都督程德全被人下毒，口不能言，据说心中极为悔恨，甚至写信给黎元洪，劝他一起归降清廷。
天意虽渺，人心尚存。眼见腊月将至，又是画“九九消寒图”的时候，这图共九字，双钩空心，每字九笔，一日一笔，字写完而寒消。以前大家都是用道光帝所拟的“亭前垂柳珍重待春風”今年有了新花样，有人拟了九个字，是“春風柔南京幽革軍俘”（“京”字中间的“口”可写为“日”），忠臣们纷纷效法。
这些还是挡不住局势江河日下。日子艰难地来到辛亥年阴历腊月廿五日，即1912年1月13日，民政部大臣赵秉钧告知恽毓鼎，隆裕太后已下懿旨，宣布辞位。
恽毓鼎那天的日记写得很长。他想起武昌乱起，至今不过一百二十日，好好的一统江山，就此完结“自来亡国，无如是之速也”而这亡国的根苗，实起于十年前，庚子之后，西太后畏首畏尾，只求己身无事，不做长远打算。到了摄政王手里，继承老醇王的习性，重满轻汉，排斥汉人。而这一帮满洲亲贵，哪个是能办事的？即使没有革命军，也就长久不了啦。“呜呼！二百余年培之而不足，三年余覆之而有余”恽毓鼎立誓“嗣此不复论朝局矣”
然而心中其实念念。腊月廿八祭灶，又是大雪飘飞，地上积了四五分厚。给友人写了一副对联，不管退位诏书已下，特意还是署着宣统年号。翻看古书，偏偏又是太康失国，为后羿所灭，后来少康借遗臣之力复国的那一段。
辛亥年就这样过去了。国家不幸，家宅倒还有喜事。次儿媳难产，只好请了妇婴医院美国女医生来接生，用机器把婴儿取出来，是个男孩，取名清宝。降生之时，正好是壬子年正月初一子时，为了他，还误了一会儿祭祖的时辰。
让子弹飞