先知还告诉尼奥，史密斯是他的反面，他要毁灭一切，只有尼奥可以阻止。
而在尼奥离开后，史密斯就找到了先知，并将其同化。史密斯变得更强大了，发出狂妄的大笑。
剧情看到这，观众们有些疑惑，莫不是人类以为的现实世界锡安，其实也是一个矩阵？
若真是这么设定，构思就太宏大了。
在尼奥从矩阵中回来的同时，贝恩（被史密斯附身的人）也醒了。
之后好长一段人类军队为了应对战场的的准备画面，包括飞船启动什么的，在03年看还是挺震撼的。
贝恩对飞船做了手脚，令其无法起飞。
崔妮娣独自一人前去查看，被贝恩挟持了。尼奥过来解救，才发现他的队友居然被史密斯附体。
最后虽灭掉本恩，眼睛却被灼伤了。
机器人大军终于打来了，人类基地也汇聚了大量的机甲军队。
造型方面，类似《环太平洋》中的机甲，只是個头小了很多，只有三米多高。
当上千机甲一同出动，对从刚刚钻开的通道里涌入的章鱼机器人开火时，场内观众无不兴奋，毕竟这是华语电影未曾有过的震撼画面。
连陈恺謌也觉得这段画面拍的不错，将来若拍一些战争类电影，可以借鉴一下。
章鱼机器人实在是太多了，铺天盖地的看的人头皮发麻，被击毁的机器人、机甲堆积如山。
这段剧情充分展现了人类与机器人战争的惨烈，算是有效回击《黑客帝国》“伪科幻”的说法
在此之前，无论是内地还是国外，都有一些媒体说《黑客帝国》其实是“伪科幻”电影，不过是披着“科幻”皮，主要动作场面还是拳脚与枪战，只能算香江电影的升级版。
而这段剧情的出现，算是破除谣言了。
锡安这边，墨菲斯驾驶飞船回来，用电磁脉冲炮干掉大量的章鱼机器人，让人类获得短暂的宁静，不过没用多久，又有铺天盖地的章鱼机器人杀了过来。
男主尼奥则跟女主一同驾驶飞船前往机器城，看到了规模庞大的人类发电站，里面有无数的人类还在沉睡，画面既震撼又悲凉。
很快，一群机器怪兽向飞船飞来。尼奥用他的意念再次击退了章鱼机器人，越发证明其实所谓的现实世界，很有可能就是另一个矩阵。
为了摆脱越来越多的章鱼机器人，飞船冲破闪电层，男、女主第一次看见到了真实的天空，那画面与《倩女幽魂3道道道》中，女鬼小卓背着小和尚十方冲破黑云，佛光普照有异曲同工之妙。
而飞船坠落后，女主崔妮蒂却重伤死掉了。
尼奥见到了机器之主，向他说出史密斯的问题。
史密斯已经不受矩阵控制，开始威胁矩阵的安全。如果不消灭他，矩阵很快就会崩溃，所有的一切都会被摧毁。
尼奥提出由他进入矩阵中去消灭史密斯，然后机器城放弃对锡安的攻击，大家和平共处。机器之主同意了尼奥的提议，并将尼奥与矩阵链接。
进入矩阵的尼奥很快就见到了史密斯，却发现矩阵中所有的人都被他同化了，矩阵中只有史密斯一个人，宛如超级病毒感染所有文件一般。
(本章完)