而在广东，
孙文与桂系矛盾，已经到了水火不相容的地步，在这种情况下，为了寻求革命势力的支持，孙文让正在拜访唐继尧的章太炎，顺便川省与杨兴等革命同志进行会谈下
支持孙文护法主张的势力，包括三方面：一是西南军阀；二是孙文系；三是海军。
在孙文率领非常国会到达广州后，与西南军阀矛盾就尖锐化。
陆荣廷公开对众人说道：孙大炮之政府，乃空头政府亦。对孙文向各地发放电报，则需要收取现金。需要一手交钱一手发报，没有钱，根本不允许发报。
而唐继尧也公开宣称，自己不承认孙文之护法军政府亦。
二人都坚决推辞，不愿意就任护法军政府元帅。
而孙文在建立护法军政府的做法，也让海军产生深深的疑惑，与孙文渐行渐远。
在决定护法军政府的时候，有人建议采用合议制，还有一些人建议公推陆荣廷为西南盟主，以此来主导护法事宜。
特别是海军，本来跟随孙文南下，是因为孙文从德国人那里搞了200万马克钱，但是到广东后，银钱无着。
而在这个时候，掌握两广财政的桂系为了孤立孙文，允诺每月拨付10万大洋作为海军军饷。
在这种情况下，海军遂因此而转向，“先是依违于桂系和孙文之间，以后更骎骎倾向桂系”
现在看到孙文过于理想化，竟然抛弃与西南军阀和好之机会，自己担任起护法军政府大元帅，如此必然将桂系搞到堆里面上，从而演变成内部矛盾。
在这种情况下，包括伍廷芳、唐绍仪、程璧光、李烈钧等人士也认识到孙文在蛮干，如此做法，怎么不会失败，而不肯就职。
在这种情况下，孙文被迫任命了一批中华革命党的骨干和原同盟会或***的激进分子代理各项工作，以此才避免护法军政府空转。
但是在这种情况下，桂系与孙派矛盾，势同水火，双方都想将对方赶出去，如此演变成更大的冲突。
***激进派玩弄民意，组织几个代表团到大元帅府状告桂系督军莫荣新，说什么莫荣新开设烟馆、赌局，征收苛捐助杂税，开得民不能聊生。广东人民非常怨恨，希望孙文可以严惩莫荣新。
要知道护法军政府到达广州后，那帮国会议员，那个不是自视清高，烟馆、赌局层出不穷。
而得到这个消息后，孙文以此为借口，1917年底决定以武力驱逐桂系督军，命令海军炮轰督军署所在地观音山。但是程璧光唯恐开罪桂系，拒绝执行，并把海军舰艇都调至黄埔，严加看管，以防孙文直接指挥海军。
不久，发生一桩大事，那就是海军打死了孙文侄子。
原来为了建立护法军政府，孙文子侄全部上阵，其侄子孙振兴从海外归来，积极帮助孙文招募军队。
孙文看到海军不听自己的，甚为恼火，让***激进派，侄子孙振兴大肆招兵买马，大概是认为，你们不服从我，是不是认为我力量弱，若是我兵力强大后，到时候看你还服不服气。
这日经过黄浦江，孙振兴运送新兵经过黄浦江的时候，被海军临检。
孙振兴仗着海军与自己叔父的良好关系，一副公子哥派头，如此之下，与海军发生对峙。
海军一些士兵气恼不过，开枪将孙振兴打死了。
听到这个消息，孙文当即咳血，声言孙振兴被杀，如此深仇大恨，必然要报（不知道后来程璧光被暗杀，是不是与这个有关。反正在程璧光被暗杀后，孙文说程璧光是烈士）
看到孙文与海军矛盾激化后，莫荣新感到万分高兴，立马准备报复了。